La ubicación de la actual terminal ferroviaria, abierta el 1º de marzo de 2003, provocó la pérdida de unos 100.000 pasajeros por año de los trenes de la línea Montevideo-Progreso-25 de Agosto, debido a su alejamiento del centro de la ciudad. El Grupo de Pasajeros sostiene que debe existir un “plan maestro” para los distintos espacios de los terrenos y edificio que conforman la Estación Central dándole prioridad al servicio ferroviario, transformando el edificio en un centro de intercambio de viajeros entre trenes y ómnibus. 

Al cumplirse 120 años de la apertura al público de la Estación Central, el Grupo de Pasajeros realizó un evento el sábado 22 de julio frente al histórico edificio de La Paz y Paraguay donde se presentó una muestra fotográfica de la construcción del edificio, exhibición de trenes en miniatura y de vehículos clásicos. 

El abandono de la Estación Central y su playa de maniobras repercutió también en la operativa de los trenes de carga, ya que la misma se usaba como terminal para el trafico portuario así como de anexo de la estación Lorenzo Carnelli, la cual se encuentra operando a máxima capacidad. Debido a esto los trenes de carga deben esperar liberación de vías en estaciones del interior incluso por varios días, aumentando los costos operativos y desaprovechando el material rodante.  Si bien se utilizaron 4 vías de la playa de maniobras entre 2009 y agosto de 2011, las mismas actualmente están sin uso debido a los problemas judiciales que afectan los inmuebles.

En varias ciudades del mundo donde las estaciones fueron reubicadas se comprobó posteriormente el error debiendo luego devolver los trenes al lugar original, restaurando los históricos edificios (Richmond, Saint Paul, Washington D.C.) o construyendo nuevas estaciones en el antiguo emplazamiento (Auckland, Belfast, Hong Kong).  En todos los casos se verifico un aumento del número de pasajeros después de la recuperación del antiguo punto terminal de los trenes.